Прошло два года, Мотоко Кусанаги уже покинула 9-ый отдел. За это время 9-ый отдел разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Они сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Kugutsu Mawashi

Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.